Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens

Abstract

Eksplorasi enzim secara tradisional dengan kultivasi mikroba sekarang ini tidak lagi efisien, karena menghabiskan waktu dan biaya. Bioinformatik berbasis web hadir untuk melakukan serangkaian analisis sekuen, baik itu DNA maupun protein, yang dapat digunakan sebagai penelitian pendahuluan, sehingga ekplorasi enzim menjadi lebih tepat sasaran.  Penelitian ini telah melakukan analisis potongan sekuen 16S ribosomal RNA yang didapat dari 6 bakteri yang berasosiasi dengan udang.  Analisis yang dilakukan adalah untuk mencari tahu tersedianya sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Dengan menggunakan database 16S Microbial dan Reference Genomic Sequence, serta fasilitas BLAST nucleotide dan CLUSTALW2 didapatkan 5 nama bakteri yaitu Micromonospora sp. L5, Aeromonas veronii B565, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Burkholderia sp. JV3, dan Acinetobacter baumanniiAB307-0294. Kelima mikroba ini memiliki tidak mempunyai gen kitosanase tetapi penyandi kitinase. Ketidakhadiran gen kitosanase dalam genome mikroba menjadikan mikroba unik untuk diketahui sekuens gen kitosanasenya, yang juga berpeluang untuk dipublikasikan.

Abstract

Enzymes exploration which is traditionally conducted by microbial cultivation, is no longer efficient, for spending the time and cost. Web based bioinformatics presents to do a series of sequence analysis, for query both DNA and protein, which can be used as preliminary test in order to direct the research effectively. We have conducted an analysis of 16S ribosomal RNA sequences from 6 bacteria in association with shrimp. The goal is finding out the recording in Gene Banks, which if they have not recorded means they are Indonesian strain.  Using the 16S Microbial and Reference Genomic Sequence databases, as well as BLAST nucleotide and CLUSTALW2, we obtained 5 names of bacteria, i.e., Micromonospora sp. L5, Aeromonas veronii B565, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, Burkholderia sp. JV3, and Acinetobacter baumannii AB307-0294. These microbes do not have the chitosanase gene but have chitinase gene. The absence of chitosanase gene is unique its sequence that also gives opportunity for publication.